Každý členský stát má povinnost určit orgán k prosazování nařízení 261/2004 na svém území. Seznam těchto orgánů naleznete zde. Pravomoci dozorových orgánů jsou v jednotlivých státech různé. Ne vždy tyto orgány mohou rozhodovat o konkrétním sporu dopravce a cestujícího. Obvykle jsou orgány oprávněny uložit v případě zjištěného porušení sankci v podobě finanční pokuty.